1) Можно ли вносить изменения в файл где описана функция ZS_MM_ALLscheduler(), например вставить свою функцию.

2) Как в массив Aivar добавить новый индекс, например, AIV_MM_FirstUPGrade, т.е. чтобы у каждого монстра появилось свойство Self.Aivar[AIV_MM_FirstUPGrade], и соответственно его можно было изменять, например вот так:
if (Self.Aivar[AIV_MM_FirstUPGrade] == False)
{
    // функции и команды ...
    Self.Aivar[AIV_MM_FirstUPGrade] = True;
};